Das Kloster Sankt Johann im Thurtal wird zwischen 1125 und 1150 als letztes Benediktiner-Kloster auf Schweizer Boden gegründet. Nach einer Überlieferung lassen sich die beiden Waldbrüder Milo & Thüring im obersten Thurtal nieder. Nach einer wechselvollen Geschichte mit Höhen und Tiefen fällt das Kloster 1555 an die Fürstabtei St. Gallen. Nach zwei Bränden wird 1626-1629 in Neu St. Johann ein neues Kloster erbaut. Das benediktinische Leben erlischt. Zwei Patres bleiben als Gemeindeseelsorger zurück. Der führende Geistliche wird Propst genannt. Daraus leitet sich der heutige Begriff der Propstei ab. 1808 stirbt der letzte Mönch als Pfarrer, forthin verwalten Priester des Bistums die katholische Kirchgemeinde Alt St. Johann nebst dazugehörenden Immobilien. Die Klosterkirche erfährt 1869 einen grundlegenden Umbau im Stil des Historismus, der Turm wird erhöht. Weitere Renovationen erfolgen 1939 und 1998. Die nebenstehende Johanneskappelle wird 1935 und 1994 renoviert. 2005 / 2006 findet eine sehr gelingende Renovation der Propstei unter dem Hauptaugenmerk der Belebung der Räume statt. Dabei ist die historische Bausubstanz sehr sorgfältig herausgearbeitet worden.

Tatsächlich werden heute die Räume der Propstei rege angefragt. Nicht zuletzt durch die Klangwelt.

Die Pfarrei ist froh um ihren aufgestellten Kirchenchor, der regelmässig die Gottesdienste bereichert. Die ökumenischen Gottesdienste sind breit gefächert. Das sonstige Gottesdienst– und Gemeindeleben ist eingebettet in die Seelsorgeeinheit oberes Toggenburg. In der schönen Kirche wird auch heute noch viel geheiratet und auch wird darin viel gesungen und musiziert. Während dem Klangfestival Naturstimmen hört man in der Klosterkirche Klänge aus der ganzen Welt.